Добавьте блок конфигурации для phpMyAdmin

 Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin

<Directory /usr/share/phpmyadmin> Options SymLinksIfOwnerMatch DirectoryIndex index.php <IfModule mod_php.c> <IfModule mod_mime.c> AddType application/x-httpd-php .php </IfModule> <FilesMatch ".+\.php$"> SetHandler application/x-httpd-php </FilesMatch> php_flag magic_quotes_gpc Off php_flag track_vars On php_flag register_globals Off php_admin_flag allow_url_fopen Off php_value include_path . php_admin_value upload_tmp_dir /var/lib/phpmyadmin/tmp php_admin_value open_basedir /usr/share/phpmyadmin/:/etc/phpmyadmin/:/var/lib/phpmyadmin/:/usr/share/php/php-gettext/:/usr/share/javascript/ </IfModule> </Directory> # Необходимо добавить следующую строку, чтобы Apache знал, что должен читать файлы конфигурации phpMyAdmin Include /etc/phpmyadmin/apache.conf